Es la estructura organizativa y programática  de FENAMAD.

COHARYIMA y COINBAMAD son organizaciones intermedias adscritas a FENAMAD y pertenecen a la estructura orgánica de la organización.

Grupo de trabajo que contribuye a eliminar las problemáticas indígena sen todos los niveles, así como a la protección de los pueblos indígenas en situación de aislamiento y contacto inicial.

FENAMAD incluye en su estructura organizativa y programática dos unidades técnicas: el Ejecutor del Contrato de Administración de la Reserva Comunal Amarakaeri (ECA-RCA) y la Asociación Forestal Indígena Madre de Dios (AFIMAD).