La Federación Nativa del río Madre de Dios y Afluentes- FENAMAD, es parte de una estructura política que a nivel internacional tiene a la Coordinadora de Organizaciones Indígenas de la
Cuenca del Río Amazonas- COICA como organización representante, y a nivel nacional es base de la Asociación Interétnica de Desarrollo de la Selva Peruana- AIDESEP. Como organización
regional representa a 7 pueblos indígenas en 37 comunidades nativas y cuenta con dos organizaciones intermedias, el Consejo Indígena de la Zona Baja del Río Madre de DiosCOINBAMAD y el Consejo Harakbut Yine Machiguenga- COHARYIMA así como con dos unidades técnicas el Ejecutor de Contrato de Administración de la Reserva Comunal Amarakaeri- ECA- RCA
y la Asociación Forestal Indígena Madre de Dios-AFIMAD, realizando un trabajo articulado entre sus organizaciones para un adecuado acompañamiento a las comunidades nativas. Así mismo, FENAMAD, es punto focal para latino-américa de las Organizaciones de Pueblos Indígenas- OPI de la IUCN.